تتم عملية استخراج زيت القطن في معامل مختصة لذلك، إذ تمر هذه العملية بعدة مراحل وهي:
مرحلة التلقيم
مرحلة العصر: وفيها يستخرج زيت القطن والكسبة
مرحلة النقل: ينقل فيها الزيت إلى خزانات، والكسبة إلى قسم التعبئة.
ثم يكرر زيت القطن في مرحلة أخرى وهي عملية التكرير
وتنقل الكسبة الى معامل صناعة أعلاف الماشية.